Python如何解析fasta格式，并储存为字典？

2018-3-30 13:00 |来自: 互联网 1861 0

摘要: 今天想到一个问题：我如何把fasta文件读到Python里面，存为字典格式。由于技术不过关，我折腾了半天还不知道如何做。所以就去Google，很多人提议用biopython。但是读取序列其实是一件比较基础的能力，而且任务也比 ...

今天想到一个问题：

我如何把fasta文件读到Python里面，存为字典格式。

由于技术不过关，我折腾了半天还不知道如何做。所以就去Google，很多人提议用biopython。但是读取序列其实是一件比较基础的能力，而且任务也比较简单，用基础库的话比较通用，也能锻炼自己的编程能力。

最后发现有一个人在stackoverflow提问，为何他写的代码结果不是预期那样：

import sys
sequence = ' '
fasta = {}
with open(sys.argv[1]) as file_one:
  file_one_content = file_one.read()
  for line in file_one_content.split("\n"):
    if not line.strip():
      continue
    if line.startswith("

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