昨晚电脑窗口弹出腾讯云打折的信息，申请开通了腾讯云（12元/月）。想起三年前没有工作站的时候，想着申请阿里云做计算。如今已实现，不过我们最关心的问题，计算速度如何，跟超算或者自己配的工作站有什么优劣势？ 申请开通后，会发送root账号和密码，刚开始Xshell是登陆不上的，使用网页版登陆。 检查 /etc/ssh/sshd_config，将 或者当PermitRootLogin被注释掉时，将注释释放就可以。 接下来使用Xshell登陆，填写名称和外网IP，账户名称：root 密码： ****** Xshell下载链接：链接：http://pan.baidu.com/s/1hr4S9Qs 密码：33br 使用XShell登录系统 提示：XShell软件并非完全免费，使用前请先确认是否符合软件厂商定义的授权许可。以下为使用指导： 1. 安装 Step1：到官方网站注册下载后，运行安装程序出现如下界面，然后点击下一步。 Step2：选择许可类型。 Step3：选择我接受许可证协议中的条款按钮。 Step4：系统默认会安装在C盘下，点击浏览，可以将其安装在自定义的目录下。然后点击下一步。 Step5：可以选择该程序的语言。一般情况下选择Chinese即可，然后点击安装。 Step6：接下来等待安装即可。 Step7：安装成功后点击完成。 2. 登录 Step1：运行Xshell5，出现如下对话框，点击新建。 Step2：会出现如下窗口，填写名称（任意填写）；主机（外网IP）；端口号（填22），此时先不要按确定按钮。 Step11：输入用户名并保证正确，然后点击确定。 Step12：填写密码，点击确定。 Step13：登录成功！ 刚登陆系统第一件事是修改密码，修改完密码之后才能使用XFtp传输文件。 3. 传输文件 Step1：安装XFtp软件后，点击新建文件传输。 Step2：出现SFTP传输窗口，左边是本地目录，右边是远程服务器上目录，拖放可实现上传或下载。 分子模拟软件Amber测试，最近刚出AmberTools 17，安装 yum install csh flex gfortran g xorg-dev zlib1g-dev libbz2-dev patch python-tk python-matplotlib wget http://ambermd.org/downloads/install_ambertools.sh chmod x install_ambertools.sh ./ install_ambertools.sh Amber TUTORIAL B5 Simulating the Green Fluorescent Protein 测试速度 http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial5/ 真空中3600个原子，226个氨基酸 这个速度用来学习MD或者体系能量最小化、温度、密度平衡还是可以的，适合QM/MM等用不了pmemd模块的MD，比笔记本的虚拟机强。 |
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