导读 科学家们创建了一种版本控制软件，可以应对到酵母基因组，通过使用该工具，可以改变本地乃至全球的基因组从单独的变化到全部的搜索和替换操作，每个改变都由研究人员创建标记，还能解释变更，就像Microsoft Word里的注释和跟踪更改功能。 考虑一下从头重写一个基因组的序列。从一个参考基因组序列开始，你夹断又折叠，重新编码和重组，再改变每一个元素下游的遗传坐标。这个过程就需要考虑遗传簿记。 Joel Bader、Jef Boeke和其他国际研究小组的同事们面临的就是这个问题，他们从酵母中重建了五条染色体，这种酵母叫酿酒酵母。这种酵母来自Amy Maxmen的一项研究。 Bader把这个问题比作一个大型协作软件项目，从某种意义上来说，它确实是。只是没有程序去指令一台电脑，这个项目涉及到价值1200万的编程酵母的遗传指令。如果需要修改的话，多个世界各地的研究人员需要同时能够访问这些指令。他们必须有能力审查变化，将指令翻来覆去，看是否有错误或失误。他们需要一种方式来建立种源，确定哪些研究者创建了哪些变化，以及为什么。 这些需求基本上概括版本控制软件的特点，Git和Subversion等工具可以允许研究人员管理大的协作软件项目。因此，Bader和他的团队正是创建了应对到酵母基因组的软件。 他说，BioStudio将版本控制软件的性能与文字处理软件结合起来，研究人员可以使用该工具，改变本地和全球的基因组从单独的基本的变化到改变全部的搜索和替换操作。每个改变都是由研究人员创建的标记。还能解释变更，就像Microsoft Word里的注释和跟踪更改功能。如果不是由负责该任务的人员自行处理，系统自动运行将很困难，比如说，创建和管理一组独特的合成野生型基因的水印。 据Bader说，版本控制工具在概念上类似于流行的Git版本控制软件，每一轮的编辑产生新的版本的基因组（或更确切地说，其底层的批注）。用户可以跟踪这些变化，回滚，并运行一个“差仪”来比较一个版本到另一个地方。两种工具间的主要区别，就是BioStudio只维护一个序列存储库，而在Git中，每个用户单独做自己的克隆复制工作。 研究人员可以从命令行里运行BioStudio，或通过一个图形用户界面。这些都是通过通用模式生物基因组数据库查看器GBrowse来进行的。一旦得到所需的更改，就由软件接管，然后调整顺序，以适应用户的合成和组装策略的选择。例如，添加传统限制性内切酶的克隆位点，或同源策略的重叠，然后将染色体切割成寡核苷酸，输出到电子订单表，准备发送给提供者直接合成，你可以从视频软件里看到漂亮的操作。 据Bader说，BioStudio之所以成为可能，是因为他的实验室里有三个优秀的生物学家和计算机科学家：Sarah Richardson, Giovanni Stracquadanio和Kun Yang。他们能足够理解生物学研究者的需要这就是多学科教育的价值。“应该有人真正了解生物学和理解其设计目标，这就是我们正在做的事情。” Bader说，虽然Sc2.0项目正在开发，但任何人都可以使用这个工具。BioStudio基于开源软件，安装指令包括在论文的补充材料中，但它很复杂。BioStudio依赖许多其他应用，包括一些网络服务机构。 原文链接： http://blogs.nature.com/naturejobs/2017/03/10/genome-editing-meets-version-control/ 了解更多基因组编辑与版本控制，欢迎联系易小二 ↓↓↓ 联系人：易小二 电话：18810011149 yikexue2015（←新朋友请加或识别二维码） 相关文章 |
注册
登录
