TCGA 数据库数据挖掘与探索学习班 玮瑜主办2017年3月25日-26日（周六日）上海 课程简介 随着大数据时代的到来，各种生物类公共数据库井喷，其中就包括癌症领域熟为人知的癌症基因图谱 TheCancerGenomeAtlas(TCGA)数据库。TCGA 由NCI 牵头，作为美国攻克癌计划的一个大项目，投入了巨大的人力和物力，系统提供了癌症多组学测序和芯片数据，包括 Geneexpression, DNAmethylation, Copy NumberVariation, Mutation等结果，同时也附有相应各测序样本的完整临床资料。TCGA 为肿瘤基础医学和转化医学研究者提供了海量的基因组数据和与其关联的临床数据,这为挖掘有意义的基因组变化和发现影响肿瘤起始、发展、分化、转移等生物学机制提供了海量数据基础。然而传统的基础医学和转化医学研究者缺乏信息学基础来处理大规模癌症数据,因而在面对这些极其有价值的基因组数据时,往往心有余而力不足。作为医学信息领域研究者,我们需要将信息学和统计学知识运用到癌症基因组学数据分析的研究当中,作为连接大数据与基础医学研究者之间的一个纽带,帮助研究者去更好地挖掘探索这些数据。 课程内容、目标与特色 本次培训提供了一次系统了解 TCGA 数据产生，糅合、分析及挖掘的课程,使基础医学和转化医学研究者能更好地挖掘 TCGA 多组学数据，以便为自身科研项目服务。本次培训涵盖拟解决的问题包括：1、TCGA 各组学数据下载。2、差异表达基因鉴定、共表达分析及聚类。3、差异甲基化区域鉴定及分析。4、基于 TCGA 数据挖掘癌症预后相关的甲基化位点和基因。
课程设置 第一天上午：TCGA 概论及相关数据下载介绍 1.TCGA 数据库基本概念介绍 2.使用 TCGA 下载单个癌症的 RNAseq 数据，miRNA 表达数据，甲基化数据，突变数据和临床数据 第一天下午：R 基本知识讲解；limma 差异表达基因鉴定 1.了解R基本数据结构，各种软件包下载和安装 2.掌握差异表达基因分析 3.热图制作及聚类分析 第二天上午：WGCNA 共表达分析；bumphunter 差异甲基化区域鉴定及分析 1.掌握 WGCNA 共表达分析，利用 VisANT 进行共表达子网络构建 2.使用 TCGA 的450k 甲基化芯片数据鉴定差异化甲基化位点和区域 第二天下午：Cox 回归及 lasso 筛选预后相关变量 1.利用 survival 包进行单因素 cox 回归分析并筛选变量 2.多因素 cox 回归分析并用 lasso 筛选最佳变量组合 3.利用构建的模型进行高低风险亚组鉴定及生存曲线绘制与比较 主办单位 上海玮瑜生物科技有限公司 时间地点 会务时间：2017年3月25日-26日24日报到会务地点：上海宝丰联大酒店（虹口区纪念路301号） 注册费用 2400元/人。授课期间发放纸质邀请函（盖章）和发票。按交费先后顺序确定座位号。会务期间提供午餐，晚餐自理。会议控制人数、请尽快报名。 付款方式 1，转账或支付宝：您可以按照下面的指定账号放心汇款，汇款前您也可以和招生老师核对账户 2，现场刷卡或现金：您也可以现场刷卡和支付现金。 A：汇款账户 账户名称：上海服淡信息科技有限公司账户号：31578103002581719 开户行：上海银行桃浦支行 B：支付宝转账 收款人：[email protected]户名:上海玮瑜生物科技有限公司 汇款时写上您的姓名，如果朋友代付一定要注明您本人的名字，便于查询。 住宿酒店 上海宝丰联大酒店标间 A（含早餐）390元/人合住195元/人 上海宝丰联大酒店标间 B（含早餐）290元/人合住145元/人 疑问咨询 联系人：谢老师13611825136报名邮箱：[email protected] 参会报名方法 报名方法一：邮件报名 复制下面的回执表并请将此表填写完整后发送到E-mail:[email protected]并发送手机短信“姓名”到13611825136。
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